Dat Nasution als CIA-generaal kan worden omschreven werd hier reeds aangetoond.

Zijn arrestatie viel dus duidelijk onder de doelstelling van Untungs actie. De arrestatie van deze generaal mislukte. Een dochtertje en een adjudant kwamen erbij om het leven. Nasution klom over een schutting en vluchtte. Dat was een tegenvaller voor Suharto. De generaal was echter dermate geschokt, dat hij er in het verdere verloop van de coup nauwelijks meer aan te pas kwam. Nasution kende, in tegenstelling tot Suharto, president Sukarno betrekkelijk goed. Hij wist dus dat Bungkarno geen staatsgreep tegen zichzelf had gepleegd en dat de president dergelijk bruut geweld zoals de moord op de generaals nooit en te nimmer zou hebben gesanctioneerd. Hij wist zelfs uitstekend dat het geen PKI-coup was maar een CIA-complot. Hij moet zich eindelijk hebben gerealiseerd dat Washington hem ten faveure van Suharto had laten vallen. Nasution had het afgelegd omdat de CIA een militair nodig had die volgaarne bereid was niet alleen verraad te plegen, maar ook bereid zou zijn ondergeschikten op ieder gewenst moment de trekker te laten overhalen. In dit opzicht had Nasution nog altijd teveel scrupules en was dus voor de Amerikanen onbruikbaar.
Het feit dat ook generaal Yani werd gearresteerd en zelfs vermoord, is het mysterie van 1965 gebleven. Hij stond bekend als anak mas (lieveling) van Bungkarno. Waarom was ook hij tussen de verraders opgepakt? Nog enkele weken tevoren had de president in het bijzijn van Dewi aan generaal Yani gevraagd waarom de geruchten over de samenzweerders bleven aanhouden. Yani antwoordde zich niet ongerust te maken, "want zij staan onder mij". Yani vormde voor Suharto en de zijnen als vertrouweling van Bungkarno een niet weg te denken barri re. Ook deze werd in de nacht van de lange messen in Jakarta weggewerkt.
Toen op 2 oktober 1965 de commandant van het leger, generaal Yani, nog steeds werd vermist, benoemde de president als opperbevelhebber tijdelijk generaal Pranoto Reksosamudro. Hij ontbood Pranoto naar Halim. Dit werd echter door Suharto verhinderd, omdat het voor hem reeds een uitgemaakte zaak was dat de post van commandant van het leger voor hem diende te zijn. Het naast zich neerleggen van een bevel van Sukarno was Suharto's eerste aanwijsbare daad van hoogverraad. Er moet zelfs betwijfeld worden of generaal Suharto niet wel degelijk reeds op de hoogte was van de moord op de generaals, inbegrepen zijn aartsrivaal Yani. Uit later vrijgekomen CIA en State Department-stukken in Washington is ampel gebleken dat Suharto ook voor 1 oktober 1965 in contact stond met de CIA, zelfs tot kort voor de staatsgreep plaats vond.